Forschung an der WU passiert in erster Linie in den elf Departments und den zugeordneten Instituten. In den Departments wird an den Schwerpunktthemen der WU Forschung gearbeitet und dort sind auch die meisten Wissenschafter/innen der WU aktiv.Für die zahlreichen departmentsübergreifenden Forschungsfragen, welche nur durch interdisziplinäre Arbeit über die Departmentgrenzen hinweg gelöst werden können, schuf die WU Forschungsinstitute, welche sowohl im Bereich der angewandten Forschung als auch der Grundlagenforschung tätig sind. Sie arbeiten als Organisationseinheiten an einem gemeinsamen departmentübergreifenden inter- bzw. transdisziplinären Forschungsprogramm mit dem Ziel, departmentübergreifende Kooperationen zu unterstützen und bestehende Forschungskompetenz auszubauen. Das Forschungsprogramm orientiert sich an einem Generalthema und baut auf anerkannten Forschungsleistungen auf. In der Regel sind die Forschungsinstitute der WU über Drittmittel finanziert.Die Kompetenzzentren der WU, welche die dritte Form der WU-Organisationseinheiten darstellen, erfüllen eine Koordinationsfunktion in Forschung, Lehre, Weiterbildung und Beratung. Sie dienen ebenfalls der themenorientierten Profilbildung der WU.